Công ty X ký hợp đồng mua bán gạo trị giá 2,5 tỷ đồng với công ty A. Công ty A đã giao cho công ty X 1 tỷ đồng. Số tiền còn lại được giao khi công ty A nhận đủ hàng, đúng chất lượng theo thỏa thuận. Trong hợp đồng 2 bên thống nhất có điều khoản về mức phạt cho mỗi vi phạm là 4% giá trị hợp đồng bị vi phạm nhưng không đề cập đến vấn đề bồi thường thiệt hại. Công ty X đã giao hàng đúng hẹn nhưng do công ty A kiểm tra và cho rằng gạo có chất lượng không đúng như hợp đồng. Công ty A xác định được thiệt hại của mình là 300 triệu đồng. Công ty A yêu cầu công ty X nộp tiền phạt vi phạm với số tiền phạt là 200 triệu đồng. Đồng thời phải bồi thường thêm 300 triệu đồng nữa cho công ty A. Công ty X đồng ý nộp phạt nhưng không đồng ý bồi thường thêm tiền do không có thỏa thuận trong hợp đồng nên công ty A không thanh toán số tiền còn lại. ​Hãy viện dẫn các quy định của pháp luật để giải quyết quyền lợi của các bên. Viện dẫn căn cứ pháp lý? Nếu áp dụng các biện pháp chế tài hãy nêu rõ điều kiện áp dụng?